Seit dem Mittelalter lag der Begräbnisplatz für Flaesheim nahe bei der Kirche. So war auch in Flaesheim seit der Grundung des Klosters 1166 ein Begräbnisplatz in unmittelbarer Nahe der Kirche. Das Umfeld um die Kirche galt als geweihter Raum. In diesem geweihten Raum fanden über Jahrhunderte die Verstorbenen aus Flaesheim ihre letzte Ruhestatte.
Wer heute den alten Friedhof betritt, der findet auf den Grabsteinen noch Namen langst vergangener Familien aus Flaesheim. Sie erzählen uns aus vergangenen Zeiten, als nach dem sonntäglichen Gottesdienst der Besuch der verstorbenen Angehörigen selbstverständlich war.
Die Lage des Friedhofes wird in einem Protokoll von 189113 bestätigt. Dort heißt es:
"Des Kirchhoffs Kreuz stand bisher an der Ostseite hinter der Kirche und war nicht recht sichtbar. Als dieses vermodert vom Winde im Jahre 1890 umgeworfen wurde, ist mit Zustimmung des Kirchenvorstandes vom sel. Pfarrer Orthaus für 400 Mark geschenkte, steinerne Kreuz in der Mitte der Nordseite aufgestellt worden". Das heutige Kreuz, von Dechant Rüping gestiftet, wurde 1974 an gleicher Stelle aufgerichtet.
Der heutige Friedhof auf der Nordseite der Kirche kann erst nach dem Klosterbrand von 1790 entstanden sein, wahrscheinlich aber erst nach dem Verzicht auf Wiederaufbau und der Aufhebung des Stiftes im Jahr 1808 und nach Beseitigung der Gebäudereste.
Die vorhandenen Baume lassen einen Prozessionsweg über den Friedhof um die Kirche erkennen.
1967 wurde der Waldfriedhof in Flaesheim seiner Bestimmung übergeben. Danach erfolgten auf dem kirchlichen Friedhof an der Kirche nur noch Beerdigungen von Ehepartnern bereits Verstorbener, die ein Grab auf dem Friedhof hatten.
Immer wieder wurde der Wunsch an die Kirchengemeinde heran getragen, den Friedhof wieder für Beerdigungen nutzbar zu machen. Der Kirchenvorstand der Pfarrei St. Sixtus hat hierfür die Voraussetzungen geschaffen und den Friedhof an der Kirche zum 1. Januar 2017 wieder in Betrieb genommen. Analog zum Alten Dorffriedhof in Sythen wird er zukünftig als Rasenfriedhof für Urnen- und auch für Sargbestattungen zur Verfügung stehen. Mögen hier alle Flaesheimer, die sich der Kirche und dem alten Friedhof verbunden fühlen, ihre letzte Ruhestätte finden.